Universitas Kristen Immanuel (UKRIM) didirikan pada tanggal 21 Juni 1982, diasuh oleh Yayasan Iman Indonesia yang disahkan akte notaris Abdul Latief, SH., nomor 182 tanggal 30 Juni 1976. Tahun 1986 mengalami perubahan akte nomor 94, tanggal 26 Mei 1986 dengan notaris Suryanto Partaningrat, SH. Sebagai pimpinan Yayasan Iman Indonesia adalah Dr. Chris Marantika.
Nama-nama pendiri Yayasan :
Tahun 1987 UKRIM memperoleh status Terdaftar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor : 0435/0/1987 untuk ketiga Fakultas yaitu:
Disamping 3 Fakultas ini, ada 1 fakultas lain di bawah naungan Bimas Kristen (Protestan) Departemen Agama Republik Indonesia, yaitu Fakultas Agama Kristen dengan 2 program studi yakni Pendidikan Agama Kristen dan Musik Gereja. Pada tahun 1991 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) menambah satu program studi lagi, yaitu program studi Ilmu Komputer dengan memperoleh status Terdaftar untuk program S1 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, nomor : 0352/0/1991 tanggal 19 Juni 1991. Pada tahun 1993 tepatnya tanggal 16 Agustus, Fakultas Ekonomi dan Fakultas Teknik UKRIM menerima status Diakui melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, nomor : 510/DIKTI/KEP/1993. Setelah melalui proses yang panjang, pada tanggal 26 Oktober 1998 Fakultas Ekonomi menambah 1 program studi lagi yaitu Akuntansi melalui surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, nomor : 398/DIKTI/Kep/1998. Dua bulan kemudian tepatnya tanggal 22 Desember 1998, Fakultas Teknik UKRIM mendapatkan status Terakreditasi melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi dengan nomor : 002/BAN-PT/Ak-II/XII/1998. Disusul kemudian oleh program studi Manajemen No. 017/BAN-PT/Ak IV/VII/2000 dan Ilmu Komputer No. 021/BAN-PT/Ak IV/VIII/2000. Pada bulan Desember 2001 karena telah berakhir masa berlaku status terakreditasi bagi Fakultas Teknik, maka UKRIM mengajukan kembali kepada Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dan mendapat status terakreditasi dengan SK nomor : 002/ BAN-PT/Ak-IV/S1/III/2002.
Untuk menjawab kebutuhan jaman yang semakin kompleks dengan problema dan konflik yang mengakibatkan krisis dalam segala bidang, khususnya batiniah/rohani, maka pada bulan Juni 2001 telah dibuka program studi Konseling Kristen (S1) yang diharapkan akan menjadi suatu wadah konseling yang berlandaskan Firman Tuhan. Sehingga sampai saat ini UKRIM memiliki 4 Fakultas dengan 8 program studi. Pada bulan Juli 2002, Fakultas Agama Kristen prodi Musik Gereja mendapat status Terdaftar pada Departemen Agama Republik Indonesia (Depag RI). Melalui SK Dirjen Bimas Kristen Depag RI Nomor DJ.III/Kep/HK.00.5/125/4208/2003 tanggal 25 September 2003 Program Studi Pendidikan Agama Kristen mendapat status Diakui. Pada tahun 2008, Departemen Agama RI mempercayakan Program Magister Pendidikan Kristen kepada UKRIM dengan SK nomor DJ III/KEP/HK.00.5/281/2008 tertanggal 8 Oktober 2008. Pada tahun 2011, sebanyak 7 program studi sudah terakreditasi dan 1 lainnya sedang mempersiapkan diri, sehingga diharapkan pada tahun 2012 sesuai aturan pemerintah, semua program studi di UKRIM sudah terakreditasi semua. Untuk kegiatan akademiknya, Universitas Kristen Immanuel (UKRIM) menggunakan bangunan milik sendiri seluas 7.076,42 m2 di atas tanah area 40.141 m2 yang beralokasi di Jl. Solo Km 11, 1 Purwomartani Kalasan Sleman Yogyakarta.
Di tahun 2019 UKRIM membuka program studi di bidang kesehatan yakni program Studi Farmasi terhitung mulai tanggal 4 Maret 2019 dengan SK Penyelenggaraan Nomo : 172/KPT/I/2019. DItahun yang sama, program Studi Teknik Informatika berubah nama menjadi program studi Informatika terhitung mulai tanggal 27 September 2019 yang dinyatakan pada SK Penyelenggara nomor : 873/KPT/I/2019.
Pergantian Pimpinan
Pada tanggal 17 Juni 1995 ada pergantian pimpinan yaitu: Dr. Chris Marantika, D.D. yang semula menjabat sebagai Rektor UKRIM diangkat sebagai Ketua Yayasan Iman Indonesia, selanjutnya Drs. Paulus L. Kristianto, M.Th., M.Si. diangkat sebagai Rektor UKRIM menggantikan Pdt Dr. Chris Marantika. Pada tanggal 31 Agustus 2004 kembali lagi terjadi pergantian kepemimpinan, oleh karena Rektor lama telah mengalami kepemimpinan 2 kali berturut-turut. George Iwan Marantika, M.B.A. menggantikan Rektor lama Drs. Paulus Lilik Kristianto, Th.M., M.Si. Tanggal 31 Agustus 2008 Bapak George Iwan Marantika, MBA kembali terpilih sebagai Rektor untuk kedua kalinya untuk periode 2008-2012.
Jumlah dosen tetap yang tercatat pada Pangkalan Data Pendidikan Tinggi https://pddikti.kemdikbud.go.id/ adlah sejumlah 70 orang dengan rincian 10 orang dengan jabatan akademik Lektor dan 30 orang Asisten Ahli. Sejumlah 60 orang dosen telah menempuh jenjang pendidikan S-2, sementara 7 orang lainnya pada jenjang S-3. Dalam rangka meningkatkan mutu pendidikan, beberapa dosen juga sedang menempuh pendidikan S-3 baik di Universitas dalam negeri maupun luar negeri.
Jumlah mahasiswa yang terdaftar pada https://pddikti.kemdikbud.go.id/ hingga semester ganjil tahun akademik 2021/2022 adalah sejumlah 1762 orang mahasiswa.
Sampai dengan September 2003 ini jumlah lulusan ada 1442 yang bekerja dalam bermacam-macam instansi/perusahaan baik negeri maupun swasta, diantaranya Pemda, Bank Lippo, Bank Danamon, Bank BCA,Bank Permata, Sinar Mas Group, Indocement, Maspion Group, Gudang Garam, Tjiwi Kimia, Telkom, Djarum, Astra dll. (80 % alumni bekerja dan berwirausaha).
Selain perpustakaan di tiap-tiap Fakultas, juga disediakan sarana Perpustakaan Pusat. Laboratorium yang disediakan: Lab. Puskom, Lab. Internet, Lab. Fisika, Lab. Digital, Lab. Mekanika Tanah, Lab. Hardware, dan Lab. Bengkel. Dalam rangka mendekatkan mahasiswa dengan industri dan profesional maka bagi setiap mahasiswa diwajibkan mengambil mata kuliah kewirausahaan . Di dalam mata kuliah ini UKRIM menghadirkan para praktisi profesional dan unggulan untuk berinteraksi dengan mahasiswa dan bagi wawasan akan dunia kerja yang sesungguhnya. Sehingga calon sarjana UKRIM tidak canggung untuk menjadi profesional yang siap pakai maupun calon pengusaha yang menciptakan lapangan pekerjaan.